Собственная типография появилась в Московском университете уже через год после его основания. Двадцать пятого апреля (8 мая по старому стилю) 1756 года состоялось официальное открытие типографии и книжной лавки в университетском доме на Моховой улице. Событие было приурочено к празднованию дня коронации императрицы Елизаветы Петровны. В этот исторический момент началось развитие регулярного российского учебно-научного книгопечатания.
В первые годы работой типографии руководил первый куратор Московского университета Иван Иванович Шувалов – выдающийся человек, посвятивший свою жизнь развитию общественного просвещения. Довольно скоро стараниями Академии наук типография Московского университета стала крупным центром книгопечатания.
В 1758 году типография Московского университета издала собрание сочинений М.В. Ломоносова в двух томах. В 18–19 веках были напечатаны книги В.Н Татищева, М.М. Хераскова, А.А. Барсова, Н.М. Карамзина, Н.В. Гоголя, К.А. Тимирязева, В.О. Ключевского, В.И. Вернадского, Н.Ф. Филатова, К.Э. Циолковского, С.А. Чаплыгина, А.Г. Столетова, Л.Н. Толстого. В типографии Московского университета печатались такие известные журналы, как «Вестник Европы», «Сельский житель», «Детское чтение для сердца и разума», «Журнал изящных искусств» и другие. Именно в типографии Московского университета впервые увидела свет книга Н.В. Гоголя «Похождения Чичикова, или Мертвые души» - это случилось в 1842 году, а спустя четыре года здесь было впервые опубликовано отдельное издание «Записок охотника» И.С. Тургенева.
С момента основания типографии Московский университет уделяет много внимания выпуску учебных пособий. В 1771 году было издано первое пособие по методике преподавания в школе — «Способ учения». Его составили профессоры Московского университета. С того времени университет напечатал десятки тысяч собственных учебных пособий, как для вузов, так и для общеобразовательных школ. Сегодня ярким примером тому служат серии книг «Московский университет – школе» и «Классический университетский учебник».
В 1949 году Издательство МГУ стало самостоятельной организацией: был принят Устав Издательства, утверждена издательская марка — «Издательство Московского университета».
Знаменитые серии книг, запущенные во второй половине 20 века — «Университетская библиотека» (1970-е гг.), «Великая французская революция. Документы и исследования» (1980-е гг.), «Теоретическая политология: мир России и Россия в мире», «Перечитывая классику», «Труды исторического факультета», «21 век: информация и общество» (1990-е гг.), «Классический университетский учебник», «Университетские курсы лекций», «Школа вдумчивого чтения» (2000-е гг.).
В 21 веке запущены новые серии: совместно с факультетами МГУ — литературоведческая серия «Классика жанра», серия по краеведению для общеобразовательных школ, серия по регионоведению, самостоятельно — серия «МГУ — детям».
С 1988 года по договору между издательством Московского университета и «Allerton Press» переводятся на английский язык научные журналы «Вестник Московского университета». В 1990-е издательство запустило программу по публикации переводных изданий на самые актуальные в мире темы по экономике, глобалистике, праву, философии, литературе.